Poner password a un usuario desde la consola

SET PASSWORD FOR 'user'@'localhost' = PASSWORD('pass');

Otra manera ya que los passwords y usuarios están en la tabla mysql.user seria

UPDATE user
    SET user.Password = PASSWORD('123456')
    WHERE user.Host = 'localhost'
    AND user.User = 'nico';

Siempre y cuando el user sea nico y el host localhost

Para ver todos los usuarios, host y si alguien no tiene pass:

SELECT user.User, user.Host, user.Password
    FROM user;